バージョン6.0形式で保存されたファイルをバージョン4.0形式で保存を行い、QuarkXPress4にてファイルを開くと「QuarkXTensions”Table”がないため、このドキュメントを正しく表示または印刷できない可能性があります 。[163]」と警告される場合がありますが、QuarkXPress4上ではこのメッセージ自体に問題がありませんので、該当ファイルをこのままご利用頂くことができます。
このエラーメッセージを回避する方法としてサムネールコピーがご利用できます。QuarkXPress6上にてサムネールコピーをして、バージョン4.0形式で保存を行ってください。

但し、このエラーメッセージが警告される状態でQuarkXPress4上で下位バージョン3.3保存を行うと、QuarkXPress3.3上でファイルを開くことができませんのでご注意ください。

こちらの問題はQuarkXPress6.51 日本語版で解決されました。
該当ファイルをQuarkXPress6.51日本語版で保存をすると、このメッセージは表示されなくなります。

関連情報
原因が特定できない問題への対処方法/サムネールコピーについて(Mac/Win)